در سال 400 هـ ق ابوبکرشهمرد به دستور سلطان محمود غزنوی بنای بقعه بار دیگر بازسازی کرد با توجه به سنگ نوشته قبر امام رضا(ع) به نظر می رسد بنای حرم در سال 516 هـ ق تجدید یا تعمیر شده است. بنای بقعه به سال 548 هـ ق آسیب فراوان دید.

در روزگار سلجوقیان شرف الدین ابوطاهر قمی پس از مرمت بنا گنبدی کاشی کاری شده را بر روی قبه حرم بنا کرد و مناره ای را کنار آن ساخت در دوره خوارزمشاهیان (612 هـ ق ) روضه رضوی مورد توجه قرار گرفت که کتیبه هایی از آن زمان در حرم موجود می باشد.

در زمان چنگیز بقعه دچار ویرانی شد. در زمان غازان خان و سپس سلطان محمد خدابنده الجایتو در تعمیر و تزئین حرم مطهر کوشید. در قرن هشتم بنای حرم عبارت بوده است از : حرم، مسجد بالاسر و چند بنای کوچک متصل به ضلع شمالی و یک مدرسه ( به تصریح ابن بتوته جهانگرد معروف ). در زمان شاهرخ تیموری و همسرش گوهرشاد حرم مطهر توسعه قابل توجهی پیدا کرد.در این دوره سال 821 هـ ق نخستین مسجد جامع شهر مشهد با نام مسجد گوهرشاد در سمت قبله حرم مطهر بر پا شد سپس بنای «دارالحفاظ» «مسجد فرق الذکر» « دارالسیاده » و سر انجام « تحویل خانه یا خزانه بر پا شد.

روضه منوره که پیکر مقدس حضرت رضا (ع) در آن مدفون است زیر گنبدی زرین و با شکوه قرار دارد و هسته مرکزی بناهای آستان قدس رضوی به شمار می آید. در سالهای آغازین به خاک سپاری پیکر پاک امام (ع)، حرم مطهر به صورت بنایی ساده با مصالح ویژه آن دوران بنا شده بود، چنان که بقعه مطهر تنها در یک در وروردی ساده در پیش روی مبارک داشت و دارای تزئیناتی مختصر به سبک آن زمان بود. صفه های اضلاع حرم به جز صفه پیش رو، به سوی خارج از بنا بسته بود.

بر فراز بقعه تنها قبه ای وجود داشت. در آن سالهای دور زمین های اطراف حرم مطهر، همه خالی از سکنه بود و نوغان که یکی از دو قصبه معروف و معتبر توس بود، تنها آبادی مسکونی منطقه محسوب می شد.نظارت دقیق حکام جور بر حرکات و سکنات شیعیان، منع آنها از توجه به مرقد امام و درک فیض زیارت، موجب شد که سالها سپری شود و بنایی درخور و شایسته مضجع شریف حضرتش احداث نگردد.

سرانجام سالهای سخت و سنگین به کندی سپری شد، عنایات خدای تعالی نسبت به روضه رضوی موجب شد که در آن روزهای اولیه و جو خاص آن زمان، حرم مطهر از هرگونه آسیبی محفوظ بماند تا آنجا که باب رافت خاصه حضرت بصورت بروز کرامات پی در پی و معجزات، گره از کار دردمندان و نیازآوران به درگاهش گشود، کثرت و تداوم کرامات امام موجب شد که توجه و اقبال مردم و حاکمان آن زمان به ویژه بیشتر اهالی خراسان و مناطق دیگر فزونی یابد و ارادتمندان به بقعه و بارگاه رضوی, زیارت پرفیض مرقد منورش را بر خود فرض دانسته اقدام به ساخت و مرمت و تذهیب و تزئین و حفظ و نگهداری آن بنای مقدس نمایند.